Die Marienkirche wurde 1188 im romanischen Stil erbaut und ist mit den 38 m hohen Doppeltürmen weithin sichtbar. Bei dem großen Stadtbrand 1485 ist die Marienkirche ausgebrannt. Sie wurde nach dem Vorbild der Nikolaikirche wieder aufgebaut. Der erhaltene Bau ist im Kern spätromanisch - frühes 13. Jh. – so dass davon auszugehen ist, dass die Grundmauern erhalten blieben. Die Marienkirche war die Kirche der Bürger und Handwerker. Mit der Reformation 1540 wurde die Marienkirche evangelisch. Auszug aus der Chronik der Stadt Aken an der Elbe (1821): „Bis 1748 hatte sie zwei freie Abseiten, und auf beiden Seiten Fenster gleich der Nikolai-Kirche. 1748 wurden zwei neue Emporkirchen (Chöre) gebaut und deshalb die nördliche Abseite mit dem Schiff der Kirche unter ein Dach gebracht. Auf dem Dache der Kirche steht ein kleiner Turm mit einer Signal-Glocke und auf der Abendseite sind 2 massive Türme, die etwas über 100 Fuß hoch sind. Zwischen den Türmen ist die Wohnung des Stadtmusikus und Turmwächters, und darunter war sonst der Haupteingang der Kirche. Die Pastoratwohnung steht auf dem Kirchhof im Süden der Kirche und ist vermutlich 1584 errichtet. Der Kirchhof der Marien-Kirche war sonst weit größer, ehe Pfarre, Schule und Kantoren darauf erbaut worden sind." Über die Jahrhunderte ist die Kirche immer wieder verarmt, teilweise verfallen und wiederinstandgesetzt wurden. „1562 gab es weder Pfarren, noch Kaplanen, noch Küsteren; die Geistlichen wurden bei den Bürgern eingemietet.“ „1635 war die Marien-Kirche wieder so arm, dass nicht einmal die Reparaturen bestritten werden konnten, und das Gebäude immer mehr verfiel, so daß weder Prediger noch Zuhörer gegen Regen und Schnee gesichert waren." Leider ist die Kirche auch in der Neuzeit immer weiter verfallen, so dass sie 1975 von der Kirchengemeinde aufgegeben werden musste. Mit der Schließung der Marienkirche wurden der Marienaltar (1490), das Kruzifix (1460) und die Röver-Orgel in die Nikolaikirche umgelagert. 1992 übernahm die Stadt Aken die Kirche und 1993/94 begannen die Sanierungsarbeiten mit einer umfangreichen Restaurierung der beiden Türme. 1999/2000 wurde die Glockenanlage denkmalgerecht saniert und nun ertönen die kleine Glocke (1272) und die große Glocke (1446) wieder. Sie sogenannte Stadtkirche entwickelt sich zum vielgestaltig genutzten Veranstaltungsort. Das heutige Erscheinungsbild der denkmalgeschützten dreischiffigen Pfeilerbasilika mit Rechteckchor und mächtigem Westbau ist stark durch Restaurierungen von 1879-83 geprägt. Vom romanischen Bau sind wesentliche Teile das Langhauses und das Untergeschoss des Westbaus erhalten, dessen drei tonnengewölbte Räume sich ursprünglich in drei Bögen zum Langhaus öffneten. Der eindrucksvolle Westbau mit giebelbekröntem Glockenhaus zwischen Achtecktürmen über mächtigem, gänzlich ungegliedertem Kubus steigt als schlank aufragende, querriegelartige Zweiturmfront auf. Das Langhaus bildet einen einfachen Kastenraum. Das Gebäude ist außen und innen schmucklos, im flachgedeckten Mittelschiff. Trotz der gotischen Spitzbogenfenster in Obergaden und Chor sind die romanischen Raumproportionen noch wirksam. In der östlichen Stirnwand befinden sich drei hohe Lanzettfenster. Die architektonisch karge Chorlösung ist, bis auf die Proportionen, identsich mit der Nikolaikirche.
