Die Stadt Aken gilt als eine Gründung "Albrecht des Bären", der Flamen ins Land rief und ihnen an dieser Stelle Siedlungsland zuwies. So dürfte es zur Gründung der Stadt Aken gekommen sein. Die erste Anlage unserer Stadt entstand zwischen dem heutigen Burgtortum und der damaligen Burganlage Gloworp (Lorfburg). Sie wurde wahrscheinlich 1121 durch einen Brand vernichtet. Die letzten Reste der ehemaligen Magdalenenkirche verschwanden erst 1542.
Bei der Neugründung gingen die Kolonisten planvoll und zweckmäßig vor. Wie ein Schachbrett wurden die Straßen angelegt, was dafür spricht, dass Aken als Stadt gegründet wurde. Sie brachten auch den Namen der alten Kaiserstadt Aachen mit. Die Niederländer schreiben Aachen heute noch in der mittelalterlichen Bezeichnung Aken. Aus der Zeit Albrecht des Bären (1100 1170) stammt die älteste Urkunde, in der Thiederus de Hachen als Akener Bürger als Zeuge genannt wird.
Unter den Sachsenherzögen, den Askaniern, entwickelte sich die Stadt begünstigt durch ihre Lage (Handel und Schifffahrt). Außer den verschiedenen Kapellen entstanden im 12./13. Jahrhundert die beiden Kirchen. Die Nicolaikirche wurde 1270 zu einer Stiftskirche erhoben.
1355 gründete der Sachsenherzog Rudolf den Komturhof des Deutschen Ritterordens, der bis 1717 in Aken bestand.
Die prächtig ausgebaute Burg- und Schlossanlage Gloworp wurde 1388 beim Kampf zwischen den Herzögen von Sachsen und dem Erzbistum Magdeburg vollständig zerstört.
Nach hundert Jahren Krieg um die Stadt Aken erhielt der Erzbischof Burg und Stadt 1392 vom Kaiser als Reichslehn. Innerhalb der Stadt wurde an der westlichen Stadtmauer die Burg Aken errichtet. Die Stadt hatte um 1300 bereits eine Fläche von rund 50 ha und war von einer Stadtmauer mit 14 Wehrtürmen umgeben (3 Stadttortürme sind erhalten und wurden saniert).
1485 brannte die Stadt bis auf wenige Häuser und die Nicolaikirche fast vollständig ab, wobei mit dem Rathaus auch das Archiv verloren ging. 1490 wurde ein neues Rathaus gebaut.
Durch die Reformation wurden 1541 alle Einwohner evangelisch.
1560 ging die Schule in städtische Verwaltung über (heute Grundschule).Bereits 1227 gab es in Aken eine öffentliche Schule in der Nähe der Nicolaikirche.
Das Hauptgewerbe außer Ackerbau und Viehzucht waren Korn- und Holzhandel und der Brauereibetrieb (101 Häuser besaßen das Braurecht).
1680 kam Aken mit dem Erzbistum Magdeburg zum Kurfürstentum Brandenburg und gehörte ab 1701 zum Königreich Preußen. Bis 1790 war Aken preußische Garnisonsstadt (6 Kompanien).Im Krieg gegen Preußen nahm Napoleon alles Land bis zur Elbe und brachte es in Besitz des Königreiches Westfalen.
In Aken wurde die Gewerbefreiheit eingeführt.
Die Befreiungskriege brachten für Aken schwere Zeiten. Die russischen Truppen überquerten in Aken die Elbe und zogen zur Völkerschlacht nach Leipzig. Aken kam wieder zu Preußen.
1821 zählte Aken 510 Häuser und 3.035 Einwohner. Die Schifffahrt erhielt Aufschwung. 24 Elbkähne gehörten Akener Schiffern. 1887 gab es in Aken bereits 135 Schiffseigner mit 141 Fahrzeugen. Bis zum 1. Weltkrieg erhöht sich die Anzahl der Schiffe auf 423 und Aken war damals die bedeutendste Schifferstadt an der Elbe. Es gab 8 Schiffervereine.
1886 wurde durch die Königliche Strombauverwaltung der Hornhafen als Winterhafen ausgebaut.
1890 wurde die Bahnlinie Aken Köthen eröffnet.
1889 bis 1891 baute die Hafen- und Lagerhaus AG den Akener Hafen mit einer Länge von 1.600 m. Hier wurde später ein Zollamt 1. Klasse eingerichtet.1892 wurden bereits rund 77.000 t umgeschlagen (1901 242.500 t).
1900 kam es zur Gründung von Fabriken und die Stadt erweiterte sich.
1934 errichtete die IG-Farben ein Werk zur Herstellung von Leichtmetallprofilen für die Junkerswerke in Dessau und Anfang des 2. Weltkrieges ein Aluminiumwerk. Beide Betriebe wurden 1946 demontiert.
Mit dem Magnesitwerk (feuerfeste Steine) entstand eine neue Produktionsstätte (jetzt Didier-Werke AG, Werk Aken). Weiterhin wurde am Hafen ein Glaswerk errichtet (heute Pilkington Automotive Deutschland GmbH Werk Aken) und ein Einspritzgerätewerk (heute Woodward Governor GmbH).
Der Verkehrshafen (heute Hafenbetrieb Aken GmbH) entwickelte sich nach 1990 zu einer bedeutenden Infrastruktur für den mitteldeutschen Raum und ist ein Güterverkehrssubzentrum mit zunehmendem Containerumschlag und Umschlag von Schwerlasten.
Die seit 1825 bestehende Schiffswerft (G. Placke GmbH) baut unter anderem moderne, flachgehende Fahrgastschiffe und Fähren, Spezialschiffe und führt Schiffsumbauten sowie Reparaturen durch.
Die Altstadt mit vielen historischen Bauten ist ein Flächendenkmal und befindet sich seit 1991 in der Stadtsanierung.
Die Stadt hat eine Gemarkung von rund 60 km² und verfügt mit dem Biosphärenreservat Mittelelbe über ein reizvolles landwirtschaftliches Umfeld.
Mit der strategischen Lage bietet sie sich als Gewerbestandort an, wobei die Autobahn A 9 über die Ortsumgehung Dessau in circa 25 Minuten und die Autobahn A 14 über die L 63 auch in circa 25 Minuten erreicht werden.